CFDA保健食品审评中心内设机构主要职责是：负责组织保健食品的技术审查和审评工作；配合国家食品药品监督管理局制定或修订保健食品技术审评标准、要求及工作程序；协助国家食品药品监督管理局制定保健食品检验机构工作规范并进行检查；负责化妆品的技术审查和审评工作；配合国家食品药品监督管理局制定或修订化妆品审评标准、要求及工作程序等。
　　保健食品一处：负责保健食品产品配方的技术审评；制定保健食品审评计划及进度协调；负责保健食品审评意见的审核；负责上报产品的审核；负责审评产品档案的管理。
　　保健食品二处：负责保健食品功能学、毒理学安全性评价资料的技术审评。
　　保健食品三处：负责保健食品生产工艺、质量标准和功效成份的技术审评。
化妆品处：承担化妆品技术审评工作，承担技术审评有关的行政许可技术审查延期通知书、行政许可技术审查意见告知书及相应补充资料、复核申请发放与接收工作。